Sedan våren 2005 pågår däremot ett extensivt kontrollprogram där ett större antal vattendrag besöks årligen. Våren 2013 genomfördes även den mest omfattande inventeringen av Vätterns tillflöden i samband med harrens lek sedan Fiskeriverkets utredningskontor i Jönköping genomförde sina undersökningar 1987–1988 och 2002. Inför lekfiskräkningen våren 2019 genomfördes vissa förändringar avseende metodiken i syfte att erhålla mer jämförbara resultat från år till år, bland annat delas vissa vattendrag upp i tydligt avgränsade delsträckor. För att underlätta arbetet möjliggjordes även rapportering via smartphone.

Lekfiskräkningen av harr våren 2019, som varit en del i ett större LEADER-projekt har varit möjlig att genomföra tack vare bidrag från LEADER Vättern som fördelar medel ur europeiska havs- och fiskerifonden (EHFF).