De största miljöutmaningarna för Vätterns ekosystem framåt bedöms bestå av miljögifter, invasiva arter och klimateffekterna. 

Anledningen är just Vätterns karakteristiska – ett näringsfattig kallvattenekosystem med lång omsättningstid – som gör sjön särskilt känslig mot dessa utmaningar. De samma tre utmaningar pekas ut av bland annat de nordamerikanska stora sjöar. 

En viktig del i Vätternvårdsförbundet arbete är just att möta och belägga ”nya utmaningar” för att i tid förhindra att det leder till problem.