Vättern mår idag förhållandevis bra: sjön är en näringsfattig klarvattensjö med ett för svenska sjöar enormt siktdjup som är på samma nivå (återigen) som för 100-120 år sen. Fosforhalten är låg. Växt- och djursamhället tyder på en överlag välmående sjö. Halter av de flesta metaller och miljögifter är låga och/eller sjunkande.
Sedan slutet på 1800-talet mäts siktdjupet i Vättern – ett mått för mängden av partiklar i vatten. Siktdjupet är naturligt väldigt stort i Vättern, kring sekelskiftet 1900 har 16 till 18 m uppmätts. Sedan minskade siktdjupet reellt på grund av eutrofiering, men började återhämta sig under 1990-talet. Nu kan man återigen mäta upp till 16 m siktdjup – som för över 100 år sen.
Vättern är en naturlig näringsfattig sjö. Under 1960/1970-talet var sjön dock övergödd (eutrofiering) på grund av utsläpp av näringsämnen (fosfor) från bland annat avloppsreningsverk, industrier och jordbruk. Genom förbättrad reningsteknik och andra åtgärder minskade utsläppen och fosforhalterna är återigen väldigt låga (runt 2 µg/L).
Vätterns vatten utgör idag ett ypperligt råvatten för dricksvattenproduktion och sjön försörjer cirka 300.000 personer med dricksvatten. Tack vare omfattande lagkrav och uppföljning får medvetenheten om Vätterns värden betraktas som god!
Det finns dock utmaningar kopplade till Vätterns karakteristika, det vill säga som kallt, näringsfattig sjö med lång omsättningstid.