I princip hela Vätterns yta utgör sedan slutet av 1990-talet Natura 2000-område enligt art-och habitatdirektivet genom de fyra länsvisa delområdena Västra Vättern, Vättern (Norra), Vättern (Östra) samt Vättern (Södra). Dessutom är Natura 2000-området av Vättern inom Östergötland, Vättern (Östra), även utpekat enligt fågeldirektivet. Inom Vätterns totala sjöområde finns ytterligare fem områden som utgör egna vattenknutna Natura 2000-områden med egna respektive bevarandeplaner.

En första gemensam bevarandeplan för hela Vättern fastställdes 2008. På uppdrag av de fyra Vätternlänen genomförde Vätternvårdsförbundet även då bedömning av bevarandetillstånd utifrån tillgängligt kunskapsunderlag. Miljöövervakning som bedrivs i Vättern har därefter delvis riktats om och utökats för att möjliggöra underlag om de värden för Natura 2000. Föreliggande bevarandeplan har dessutom föregåtts av revidering/uppföljning av andra angränsande styrdokument för Vättern som är använda i bedömningen av bevarandetillståndet.