Föreliggande studie kompletterades även med en analys av genetiskt material från den nedströmslekande öringstam som slogs ut i samband med att vattenkraften i Motala ström byggdes ut. Generellt observerades en hög grad av genetisk variation bland de stickprov som samlades in från tillflöden runt Vättern. Det antyder att öringbestånden i och runt Vättern har god status med ett tillräckligt högt antal lekfiskar för att bibehålla en bra genetisk variation och stabila populationer. Studien visade även att det är en stor genetisk skillnad mellan de historiska proverna och de nutida i Vättern.