Vättern är på förslag från dess Länsstyrelser att Natura 2000-klassas som naturtyp 3130 (Oligo-mesotrofa sjöar med strandpryl, braxengräs eller annuell vegetation på exponerade ställen). Dessutom finns det utbredda kransalgsbälten i Vättern som lokalt skulle kunna motivera en klassning som naturtyp 3140 (Kalkrika mesotrofa vatten med bentiskakransalger).