Vätternvårdsförbundet samordnar miljöövervakning i Vättern, det vill säga de undersökningar som behövs för att följa upp kraven som ställs på miljöövervakning – både genom olika direktiv – men även för att följa Vätterns värden, och som genomförs regelbundet enligt beslutat program. Andra aktörer i detta samordnade program för Vättern är Länsstyrelserna runt sjön samt SLU Aqua, som genomför många fiskundersökningar både i Vättern och i tillflöden.

Förutom dessa reguljära undersökningar genomförs årligen ett flertal projekt. Det kan handla om undersökningar av nya frågeställningar eller ämnen, och görs i många fall i samarbete med universitet, nationella myndigheter och/eller de andra två svenska stora sjöar. 

Även andra program och undersökningar genomförs i Vätterns tillrinningsområde, bland annat inom SRK-programmen (samordnad recipientkontroll) eller Länsstyrelsernas kalkeffektuppföljning.