Vätternvårdsförbundet arbetar med att bevara sjöns unika egenart och samordna åtgärder, övervakningsprogram och forskning i och omkring Vättern. Förbundet bevakar också olika intressen i och runt Vättern. Arbetet finansieras av medlemmarna vilka utgörs av företag, myndigheter och organisationer runt Vättern samt övriga som har intresse av miljön i Vättern. Verksamheten styrs av stadgar och arbetsprogram. Vätternvårdsförbundet samordnar även “Vattenråd för Vättern” på uppdrag av vattenmyndigheten i Södra Östersjöns distrikt.

Verksamheten i Vätternvårdsförbundet bestäms utifrån medlemmarnas beslut på Förbundsstämman (årligen i maj). Styrelsen ansvarar för att verksamheten följer stämmans beslut. Förbundet har ett fristående kansli inhyrt på Länsstyrelsen i Jönköping. För att genomföra verksamheten finns två utskott underställda styrelsen: Verksamhetsutskottet (VU) och Samförvaltningen Fiske.

Vätternvårdsförbundets verksamhet styrs ytterst av stadgarna. Som stöd för att uttolka stadgarna och reglera vissa praktiska saker har en sk arbetsordning tagits fram som förklarar vem som gör vad med vilka befogenheter etc. Både stadgarna och arbetsordningens aktualitet ses över regelbundet för att aktuellhållas. För att syftena med förbundets verksamhet (§1 i stadgarna) ska uppfyllas behövs olika styrdokument t ex Vattenvårdsplan, Bevarandeplan för Natura 2000 samt Förvaltningsplan för fisk och fiske. Därutöver finns en rad ytterligare styrdokument i andras regi som tillsammans bidrar till värna om Vättern.