Arbetsgruppens roll är att bereda sakfrågor och återkommande relaterad information till Samförvaltningen som tar beslut i frågan. Nedan följer en kort presentation av respektive arbetsgrupp och deras uppdrag:
Fisketillsyn
Deltagare: Länsstyrelserna (inklusive tillsynsmän), Sportfiskarna, Yrkesfiskarena, Fritidsfiskare.
Uppdrag: Samordna fisketillsynen i Vättern. Det inkluderar att ta fram en plan för tillsynen i Vättern. Representanterna ges möjlighet att lyfta fram viktiga bitar och områden som man vill prioritera.
Undersökning och övervakning
Deltagare: Länsstyrelserna, Vätternvårdsförbundet, Havs- och Vattenmyndigheterna och Sveriges Lantbruksuniversitet är fasta medlemmar, kompletteras enligt mötesprogram med deltagande från t ex högskola/universitet.
Uppdrag: Samordna övervakning och undersökningar av fisk och fiske i Vättern och dess tillflöden. Att knyta angränsande miljöövervakning till fisk och fiske.
Harrgruppen
Deltagare: Sportfiskarna, Vätterns Fritidsfiske och fiskevårdsförbund, Länsstyrelserna samt representanter för lekfiskräknare, annan övrig expertis vid behov.
Uppdrag: Samordning kring harrarbetet i Vättern.
Kräftgruppen
Deltagare: Länsstyrelserna, Vätternvårdsförbundet, kommuner, Sportfiskarna, Yrkesfiskarena, Fritidsfiskare, Fiskevattenägareförbundet, samt enskilda intresseföreningar.
Uppdrag: Samordning kring kräftfisket i Vättern. Inkluderar genomgång av kräftundersökningar och fångststatistik. Gruppen för fortlöpande diskussioner om möjligheterna till olika förvaltningsformer av kräftfisket i Vättern.
Laxgruppen
Deltagare: Sportfiskarna, Länsstyrelsen, SLU, Fiskevattenägareförbundet, Fritidsfisket, Mer Lax i Vättern
Uppdrag: Samordning angående det som rör laxutsättningarna i Vättern såsom ekonomi, odling, kvalitetsarbete, utsättningar och uppföljning. Gruppen arbetar för en adaptiv förvaltningsform av utsättningarna av lax i Vättern.
Miljögifter (dioxiner) i fisk från Vättern
Deltagare: Yrkesfiskarena, IVL, SLU, SVA, Sportfiskarna, Länsstyrelsen och Vätternvårdsförbundet.
Uppdrag: Samordning kring det som rör miljögifter, främst dioxiner, i fisk från Vättern.