Samordning och drift av programmet kommer att fortsätta skötas av Vätternvårdsförbundets sekretariat. Den fortsatta samordningen mellan Vänern, Vättern och Mälaren och övriga nationella sötvattensprogram sker främst via den sk Storasjögruppen vilken utgörs av representanter av vattenförbunden, Naturvårdsverket och Fiskeriverket. Samordningen mellan vattenvårdsförbundet, länsstyrelserna, den samordnade recipientkontrollen och andra intressenter kommer att fortsätta som tidigare.