I Hornån tycks några höga stenblock utgöra ett naturligt vandringshinder för flodnejonöga. I Rödån är det inte klarlagt om flodnejonögat tar sig upp i det nybyggda omlöpet och i Knipån utgör en vägtrumma sannolikt ett svårpasserbart hinder för arten. I Hökesån är det oklart i vilken omfattning flodnejonögat klarar av att passera första vandringshindret, en järnkonstruktion uppströms järnvägstunneln där grenar och skräp ansamlas, då endast en individ fångades uppströms hindret. I Svedån går det inte dra några slutsaser om eventuella vandringshinder, då inga flodnejonögon fångades nedströms första hindret 2014.