Munksjön är en extrem stadssjö: den ligger mitt i Jönköping, utgör ett tydligt element och del av stadens intryck, men utgör också mottagare av avlopps- och industrivatten. Historisk har sjön troligen tillförts föroreningar i mer än hundra år, något som accelererade under tidigt 1900-tal varvid det helt enkelt blev för dåligt för att det skulle kunna accepteras. Jönköpings stad blev ogästvänlig och ohälsosam. Från att ha varit en arena för simning och bad, folkparker och nöjesområde, transportväg och tillgång blev Munksjön stadens baksida – oanvändbar och helst inte nämnvärd. Stora ansträngningar gjordes dock för att förbättra miljön, inte minst för att det var direkt ohälsosamt att vistas i närområdet. Munksjön innehåller idag stora föroreningsmängder i sediment men även vattenfasen är inte miljömässigt acceptabel.