Vättern har undersökts med avseende på undervattensvegetation inom Natura 2000 sedan 2003 och inventeringar utförs även som en del av Vätterns återkommande miljöövervakning. Vid 2005 års inventering har både nya och äldre lokaler inventerats
Sedan Vätternvårdsförbundet bildades 1957 har det tagits fram fyra olika vattenvårdsplaner för Vättern. Den första till kom 1970, vilken sedermera reviderades 1977. Under 1989 gjordes en omorganisation av det som då hette Kommittén för Vätterns Vattenvård till dagens form Vätternvårdsförbundet. 1990 gjordes en fördjupad vattenvårdsplan vilken i sin tur utvärderades 1996 dock utan att några nya mål utverkades. Föreliggande utvärdering baseras på både 1990 och 1996 års vattenvårdsplaner. För att beskriva Vätterns miljötillstånd redovisas även en beskrivning av omvärldsfaktorer t ex klimat, berggrund, befolkning. Avsikten är att föreliggande avstämning skall kunna ligga till grund för utverkandet av nya miljömål vilka redovisas i en kommande rapport.
På uppdrag av Vätternvårdsförbundet har IVL Svenska Miljöinstitutet AB hösten 2002 för andra gången genomfört en undersökning av påväxtalger på sju lokaler i Vättern.
För att kunna bedöma ett faunasamhälles potential för miljöövervakning bör man dels känna till samhällets naturliga variation i tid och rum, dels känna förekomsten av föroreningskänsliga och/eller föroreningståliga arter eller grupper. I denna undersökning har meiofaunan i Vät tern studerats under treårigt syfte att utvärdera meiofaunas potential som parameter vid miljöövervakning av Vättern.