I Vättern står numera fritidsfisket för huvuddelen av fångstuttagen röding. I detta fiske återutsätts en förhållandevis stor andel fisk (68 %). Merparten returneras eftersom den är mindre än gällande minimimått eller för att man fyllt den dagliga fångstkvoten. Återutsättning vid utter och trollingfiske gäller framför allt arterna röding, öring och lax.

Skattningar av de fem största glacialrelikta kräftdjurens täthet och fördelning gjordes med hjälp av mysistrål dagtid och stor håv nattetid i slutet av augusti till början av september 2011 i framförallt tre undersökningsområden i vardera sjön

Information om fritidsfiskets uttag utgör, vid sidan av yrkesfiskestatistiken och fångstdata från standardiserade provfisken, en viktig komponent vid bedömningar av Vätterns fiskbestånd. Kunskapen är nödvändig för att beslut ska kunna fattas rörande ett långsiktigt hållbart och rationell nyttjande av den resurs som fisk och kräftor i Vättern utgör. För att kunna uppskatta hur stort fisketryck fritidsfisket utgör på fisken i Vättern genomförde länsstyrelserna runt Vättern i samverkan med Fiskeriverket enkätundersökningar år 2000 och 2003. Eftersom fisket hela tiden förändras fanns det ett behov av en uppdaterad bild av fritidsfiskesituationen i Vättern, varför en ny undersökning genomfördes 2010.

För att studera i vilken omfattning signalkräftor äter rödingrom genomfördes under vintern 2004–2005 respektive 2005-2006 experiment i tråg i Fiskeriförsöksstationen i Älvkarleby. Eftersom frågeställningen med rompredation väckts av förekomsten av signalkräftor på rödingens lekplatser i Vättern genomfördes hösten 2005 också nätprovfisken på lekgrund och referensområden i sjön för att se om förekommande fiskarter också åt rödingrom. Samtidigt fiskades med cylindermjärdar för att fånga kräftor.

Flodnejonögat (Lampetra fluviatilis) upptogs på den svenska rödlistan över hotade arter 2005. Därför genomförde Länsstyrelsen i Jönköpings län inventeringar av Vätterns tillflöden under 2006, 2007, 2009 och 2011.