Vätternvårdsförbundet och Vänerns vattenvårdsförbund har genomfört en undersökning av
miljögifter i fisk som omfattar 38 kemiska ämnen och ämnesgrupper samt ”dioxiner”
(PCDD/PCDF) och PCB (polyklorerade bifenyler). I undersökningen ingår dels ämnen från
den normala livsmedelskontrollen, dels de ämnen som anges i EUs vattendirektiv. Analyserna
av ”EU-ämnena” har genomförts med stöd från Naturvårdsverket som är delfinansiär av projektet. De fiskarter som har undersökts är lax (Vänern), öring, röding (Vättern) och lake. Undersökningen ger därmed en relativt heltäckande bild av föroreningssituationen vad gäller fisk i Sveriges två största insjöar.

Vitmärlans (Monoporeia affinis) fekunditet (ägg/hona) är signifikant lägre i Vättern jämfört med Vänern under perioden 1999-2002. Under perioden 1996-2002 registreras dock en ökande fekunditet i Vättern. Resultaten måste emellertid betraktas som osäkra med tanke på en mycket högre fekunditeten under 2002 i Vättern, som kan ha påverkat trenden. Det finns ett starkt samband mellan fekunditet och näringstillgång. Fettsyresammansättningen i vitmärla skiljer sig mellan sjöarna under 2001 då fekunditeten var mycket låg i Vättern medan skillnaderna i fettsyresammansättning minskade under 2002. En högre näringstillgång i form av kiselalger i Vättern under 2001 skulle kunna vara förklaringen till den förändrade fettsyresammansättningen och högre fekunditeten hos vitmärlan i januari 2002 i Vättern.

Länsstyrelserna i Jönköpings, Östergötlands, Västra Götalands samt Örebro län har ett regionalt ansvar för fisket Vättern medan Fiskeriverket har det centrala ansvaret.